| 정부 | 대수 | 이름 | 임기 | 비고 |
| 제5공화국 | 7대 | 최병삼(崔炳三) | 1985년 1월 1일~1986년 8월 28일 | 차관급으로 격상 |
| 8대 | 김상영(金相榮) | 1986년 8월 28일~1988년 3월 4일 | |
| 노태우 정부 | 9대 | 1988년 3월 5일~1988년 9월 19일 |
| 10대 | 김옥조(金玉照) | 1988년 9월 19일~1990년 12월 28일 | |
| 11대 | 전희찬(全熹賛) | 1990년 12월 28일~1992년 12월 30일 | |
| 12대 | 이충길(李忠吉) | 1992년 12월 30일~1993년 3월 3일 | |
| 김영삼 정부 | 13대 | 1993년 3월 4일~1993년 12월 21일 |
| 직무대리 | 이천우(李千雨) | 1993년 12월 21일~1993년 12월 26일 | 직무대리 |
| 14대 | 김시복(金時福) | 1993년 12월 27일~1996년 12월 24일 | |
| 15대 | 김의재(金義在) | 1996년 12월 24일~1998년 3월 16일 | |
| 김대중 정부 | 16대 | 장귀호(張貴昊) | 1998년 3월 17일~1999년 1월 21일 | 1급으로 격하 |
| 17대 | 조병세(趙炳世) | 1999년 1월 21일~2000년 5월 | |
| 18대 | 김종성(金鍾成) | 2000년 5월~2004년 3월 18일 | |
| 노무현 정부 |
| 19대 | 배철호(裵哲浩) | 2004년 3월 18일~2005년 6월 23일 | |
| 20대 | 김정복(金井復) | 2005년 6월 23일~2007년 4월 23일 | 차관급으로 격상 |
| 21대 | 정일권(鄭一權) | 2007년 4월 23일~2007년 11월 23일 | |
| 22대 | 김흥걸(金興傑) | 2007년 11월 23일~2008년 3월 21일 | |
| 이명박 정부 | 23대 | 이종정(李鍾鼎) | 2008년 3월 21일~2009년 8월 13일 | |
| 24대 | 우무석(禹武錫) | 2009년 8월 13일~2011년 12월 5일 | 1급으로 격하 |
| 25대 | 정양성(鄭亮聖) | 2011년 12월 5일~2013년 5월 27일 | |
| 박근혜 정부 | 26대 | 최완근(崔完根) | 2013년 5월 28일~2017년 7월 26일 | |
| 직무대리 | 민병원 | 2017년 7월 26일~2017년 7월 27일 | 국가보훈처 기획조정관리국장·국가보훈처 차장 직무대리 |
| 문재인 정부 | 27대 | 심덕섭(沈德燮) | 2017년 7월 27일~2018년 12월 14일 | 차관급으로 격상 |
| 28대 | 이병구(李炳龜) | 2018년 12월 14일~2020년 8월 14일 | |
| 직무대리 | 민병원 | 2020년 8월 14일~2020년 8월 18일 | 국가보훈처 기획조정실장·국가보훈처 차장 직무대리·국가보훈처장 직무대리 |
| 29대 | 이남우(李南雨) | 2020년 8월 18일~2022년 7월 3일 | |
| 윤석열 정부 | 30대 | 윤종진(尹鍾鎭) | 2022년 7월 4일~2023년 6월 4일 | |
