국무조정실 차장(國務調整室 次長)은 실장을 보좌하는 직위로, 차관급 정무직공무원으로 보한다.
- 국무조정실 차장은 실장을 보좌하여 소관사무를 처리하고 소속공무원을 지휘·감독하며, 실장이 사고로 직무를 수행할 수 없으면 제1차장, 제2차장의 순으로 그 직무를 대행한다.
| 정부 | 대수 | 이름 | 임기 | 비고 |
| 김대중 정부 | 초대 | 최규학(崔圭鶴) | 1998년 3월 10일~1999년 3월 6일 | 1급 상당 |
| 2대 | 김병호(金炳浩) | 1999년 3월 12일~2001년 3월 31일 | |
| 3대 | 유정석(柳正錫) | 2001년 4월 4일~2002년 2월 5일 | |
| 4대 | 정강정(鄭剛正) | 2002년 2월~2002년 7월 19일 | |
| 5대 | 이형규(李亨奎) | 2002년 7월 24일~2003년 6월 25일 | |
| 정부 | 대수 | 이름 | 임기 | 비고 |
| 김대중 정부 | 초대 | 인경석(印敬錫) | 1998년 3월 10일~1999년 6월 16일 | |
| 2대 | 박원출(朴元出) | 1999년 6월 26일~2001년 4월 24일 | |
| 3대 | 이형규(李亨奎) | 2001년 4월 24일~2002년 7월 24일 | |
| 4대 | 최경수(崔慶洙) | 2002년 7월 24일~2003년 8월 1일 | |
| 정부 | 대수 | 이름 | 임기 | 비고 |
| 노무현 정부 | 6대 | 조영택(趙泳澤) | 2003년 8월 1일~2005년 3월 23일 | 차관급으로 격상 |
| 정부 | 대수 | 이름 | 임기 | 비고 |
| 노무현 정부 | 5대 | 최경수(崔慶洙) | 2003년 8월 1일~2005년 3월 31일 | 차관급으로 격상 |
| 정부 | 대수 | 이름 | 임기 | 비고 |
| 노무현 정부 | 7대 | 유종상(兪宗相) | 2005년 3월 31일~2007년 1월 25일 | |
| 8대 | 이병진(李秉珍) | 2007년 1월 25일~2008년 2월 29일 | |
| 정부 | 대수 | 이름 | 임기 | 비고 |
| 노무현 정부 | 6대 | 최경수(崔慶洙) | 2005년 3월 31일~2006년 1월 31일 | |
| 7대 | 박종구(朴鍾九) | 2006년 1월 31일~2007년 1월 25일 | |
| 8대 | 신철식(申喆湜) | 2007년 1월 25일~2008년 2월 29일 | |
| 정부 | 대수 | 이름 | 임기 | 비고 |
| 이명박 정부 | 초대 | 박철곤(朴鐵坤) | 2008년 3월 1일~2009년 1월 19일 | |
| 2대 | 박영준(朴永俊) | 2009년 1월 19일~2010년 8월 13일 | |
| 3대 | 육동한(陸東翰) | 2010년 8월 13일~2013년 3월 13일 | |
| 정부 | 대수 | 이름 | 임기 | 비고 |
| 이명박 정부 | 초대 | 김영철(金永哲) | 2008년 3월 1일~2008년 10월 3일 | |
| 2대 | 권태신(權泰信) | 2008년 10월 14일~2009년 1월 19일 | |
| 3대 | 조원동(趙源東) | 2009년 1월 19일~2010년 8월 13일 | |
| 4대 | 안상근(安相根) | 2010년 8월 13일~2010년 9월 1일 | |
| 5대 | 김석민(金錫民) | 2010년 10월 12일~2013년 3월 13일 | |
| 정부 | 대수 | 이름 | 임기 | 비고 |
| 박근혜 정부 | 초대 | 홍윤식(洪允植) | 2013년 3월 13일~2015년 7월 20일 | |
| 2대 | 오균(吳均) | 2015년 7월 20일~2017년 7월 12일 | |
| 문재인 정부 | 3대 | 최병환(崔炳煥) | 2017년 7월 13일~2020년 5월 8일 | |
| 4대 | 최창원(崔彰沅) | 2020년 5월 8일~2021년 6월 14일 | |
| 5대 | 윤창렬(尹昌烈) | 2021년 6월 14일~2022년 6월 21일 | |
| 윤석열 정부 | 6대 | 박구연(朴購然) | 2022년 6월 22일~2024년 6월 27일 |
| 7대 | 김종문(金鍾文) | 2024년 6월 28일~ | |
| 정부 | 대수 | 이름 | 임기 | 비고 |
| 박근혜 정부 | 초대 | 고영선(高英先) | 2013년 3월 24일~2014년 7월 24일 | |
| 2대 | 조경규(曺京圭) | 2014년 8월 17일~2016년 8월 24일 | |
| 3대 | 노형욱(盧炯旭) | 2016년 8월 24일~2018년 11월 9일 | |
| 문재인 정부 |
| 4대 | 차영환(車永煥) | 2018년 12월 15일~2020년 5월 9일 | |
| 5대 | 문승욱(文勝煜) | 2020년 5월 9일~2021년 4월 16일 | |
| 6대 | 윤창렬(尹昌烈) | 2021년 4월 16일~2021년 6월 14일 | |
| 7대 | 윤성욱(尹盛郁) | 2021년 6월 14일~2022년 6월 21일 | |
| 윤석열 정부 | 8대 | 이정원(李政垣) | 2022년 6월 22일~2024년 7월 21일 | |
| 9대 | 남형기(南亨基) | 2024년 7월 22일~ | |
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| 본부 소속 | | |
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| 산하 공공기관 | |
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- 국무조정실장은 장관급, 국무차장(2인 ; 국무1차장 및 국무2차장)은 차관급이다.
- 제주특별자치도지원위원회 위원장은 국무총리가 겸임하고 제주특별자치도지원위원회 사무처장은 고위공무원 가급(1급 상당)의 국무조정실 경제조정실장이 겸임한다.
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