Nel 1999 fu bandita la gara di appalto per la realizzazione di una nuova linea a doppio binario fra Bari e il quartiere San Paolo, che al 2007 contava 70.000 abitanti;[1] la prima tratta avrebbe utilizzato i preesistenti binari FT fra le stazioni di Bari Centrale e Lamasinata, quest'ultima posta al km 4+125[2] della ferrovia Bari-Barletta, aperta nel 1965[1] dopo la trasformazione della preesistente tranvia a vapore.
La consegna ufficiale a Ferrotramviaria dell'opera, da Fesca-San Girolamo (già Lamasinata), divenuta stazione di diramazione, fino al capolinea provvisorio di Ospedale San Paolo, avvenne il 24 giugno 2008,[3] mentre il servizio viaggiatori vero e proprio fu avviato il successivo 22 dicembre.[4]
Contestualmente alla costruzione della nuova linea a Bari Centrale fu attuato lo spostamento del binario 1 e costruita una nuova banchina per rendere utilizzabile dal servizio passeggeri anche il binario di servizio centrale;[3] la stazione di Fesca-San Girolamo assunse a sua volta maggiore importanza, oltre che come località di diramazione, anche quale polo d'interscambio grazie alla costruzione di un parcheggio per 70 autobus e 1300 automobili.[1]
Indicata come Linea 1 della "metropolitana di Bari", integrato nel servizio ferroviario urbano del capoluogo pugliese, l'infrastruttura è stata prolungata di ulteriori 1.500 m circa fino a raggiungere la zona Cecilia, interessando in parte anche il territorio comunale di Modugno;[5] sulla nuova tratta dal 4 luglio 2017 è operativa la fermata Cecilia,[6] mentre la stazione terminale Regioni è in fase di costruzione[7].
Lasciato il bivio a Fesca-San Girolamo, la linea si mantiene parallela alla Bari-Barletta correndo su un rilevato in ascesa di circa 1 km, per poi impegnare il lungo viadotto di scavalco che permette di oltrepassare anche la ferrovia Adriatica; lungo circa 2 km, tale manufatto, che ospita altresì la fermata Tesoro, integra nella struttura le barriere antirumore e i portali per la linea aerea, di foggia semicircolare.[8]
Gli ultimi 1,7 km sono costruiti in galleria artificiale e comprendono le fermate sotterranee di San Gabriele, Cittadella della Polizia,[3] Ospedale San Paolo[7] e Cecilia.
Dall'inaugurazione della linea sono utilizzati gli elettrotreni Alstom ELT 200, gli unici allora attrezzati per il servizio con marciapiedi alti,[1] che presero a effettuare 24 coppie di corse non cadenzate dalle 5 alle 23.40 e un tempo di percorrenza di 15 minuti. La frequentazione si mostrò fin dall'inizio elevata, con punte di 400 passeggeri.[4]
A tale offerta di base si sommano ulteriori corse di rinforzo come nel caso delle festività patronali di maggio.[9]
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