第55回全日本大学野球選手権大会（だい55かいぜんにっぽんだいがくやきゅうせんしゅけんたいかい）は、2006年（平成18年）6月6日から6月13日まで明治神宮野球場と東京ドームで開催された全日本大学野球選手権大会である。
| | 1回戦 | | 2回戦 | | 準々決勝 | | 準決勝 |
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| | | | 6月7日（神・1） |
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| | 近畿大学 | 4 |
| | 6月6日（神・1） | | | | |
| | | | 九州東海大学 | 0 | | |
| | 九州東海大学 | 6 | | |
| | | 6月10日（東・1） |
| | 東北学院大学 | 5 | | |
| | | 近畿大学 | 3 |
| | 6月6日（神・2） | | | | |
| | | | | | 国際武道大学 | 1 | | |
| | 龍谷大学 | 2 | | |
| | | | 6月7日（神・2）：延長13回 | |
| | 上武大学 | 3x | | |
| | 上武大学 | 2 |
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| | | | 国際武道大学 | 3x | | |
| | | | | | |
| | | 6月12日（神・1）：延長15回 |
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| | | 近畿大学 | 3 |
| | 6月6日（神・3） | | |
| | | | | | | | 大阪体育大学 | 4 |
| | 大阪体育大学 | 2 | | |
| | | | 6月7日（神・3）：延長10回 | |
| | 浅井学園大学 | 1 | | |
| | 大阪体育大学 | 6 |
| | 6月6日（東・1） | | | | |
| | | | 徳山大学 | 5 | | |
| | 徳山大学 | 5 | | |
| | | 6月10日（東・2） |
| | 青森大学 | 2 | | |
| | | 大阪体育大学 | 6 |
| | 6月6日（東・2） | | |
| | | | | | 東海大学 | 2 | | |
| | 松山大学 | 1 | | | |
| | | | 6月7日（神・4） | |
| | 石巻専修大学 | 2 | | |
| | 石巻専修大学 | 0 |
| | | | | |
| | | | 東海大学 | 6 | | |
| | | | | | | | |
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| | 1回戦 | | 2回戦 | | 準々決勝 | | 準決勝 |
| | | | | | | | | | | | | | | |
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| | | | 6月8日（神・1）：延長12回 |
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| | 青山学院大学 | 4x |
| | 6月6日（東・3） | | | | |
| | | | 福岡大学 | 3 | | |
| | 福岡大学 | 4 | | |
| | | 6月10日（神・3）：8回コールド |
| | 東京農業大学生物産業学部 | 2 | | |
| | | 青山学院大学 | 7x |
| | 6月7日（東・1） | | | | |
| | | | | | 名城大学 | 0 | | |
| | 京都学園大学 | 1 | | |
| | | | 6月8日（神・2） | |
| | 名城大学 | 4 | | |
| | 名城大学 | 4 |
| | 6月7日（東・2） | | |
| | | | 福井工業大学 | 1 | | |
| | 広島経済大学 | 1 | | | |
| | | 6月12日（神・2） |
| | 福井工業大学 | 4 | | |
| | | 青山学院大学 | 9 |
| | | | |
| | | | | | | | 創価大学 | 2 |
| | | | | |
| | | | 6月8日（神・3） | |
| | | | | |
| | 創価大学 | 8 |
| | 6月7日（東・3） | | | | |
| | | | 阪南大 | 3 | | |
| | 阪南大学 | 5x | | |
| | | 6月10日（神・4） |
| | 日本大学国際関係学部 | 4 | | |
| | | 創価大学 | 5 |
| | 6月7日（東・4）：7回コールド | | |
| | | | | | 法政大学 | 3 | | |
| | 第一経済大学 | 1 | | | |
| | | | 6月8日（神・4） | |
| | 関東学院大学 | 8 | | |
| | 関東学院大学 | 3 |
| | | | | |
| | | | 法政大学 | 7 | | |
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6月13日（明治神宮野球場）
| | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | R | H | E |
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| 青山学院大学 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 1 | 3 | 6 | 12 | 2 |
| 大阪体育大学 | 0 | 0 | 1 | 4 | 0 | 0 | 0 | 2 | X | 7 | 11 | 0 |
- [青]：高市俊（8回）
- [大]：村木健介（8回2/3）、村田透（0回1/3）
- 本塁打
[青]：横川（8回・ソロ）、吉田（9回・3ラン）
[大]：庄司（8回・2ラン）
| | | 大阪体育大学 |
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| 打順 | 守備 | 選手 |
|---|
| 1 | [中] | 松尾和行 | | 2 | [三] | 今井雄一 | | 3 | [遊] | 渡邊敬之 | | 4 | [一] | 山本直登 | | 5 | [指] | 根津一 | | 6 | [左] | 富永裕也 | | 7 | [捕] | 庄司龍二 | | 8 | [二] | 廣澤達也 | | 9 | [右] | 三谷武史 | |
- 最高殊勲選手賞：村田透（大阪体育大学・3年）
- 最優秀防御率投手賞：大隣憲司（近畿大学・4年）
- 首位打者賞：富永裕也（大阪体育大学・1年）
- 敢闘賞：田仲勝治（青山学院大学・4年）
- 功労賞：佐々木邦明（大阪体育大学・4年、主務）
[1]
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| 1950年代 | |
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| 1960年代 | |
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| 1970年代 | |
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| 1980年代 | |
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| 1990年代 | |
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| 2000年代 | |
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| 2010年代 | |
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| 2020年代 | |
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