L'iris des Pyrénées (Iris latifolia (Mill.) Voss), une espèce endémique des Pyrénées et des monts CantabriquesLes étages de végétation dans les Pyrénées (selon Grüber 1979)
La flore des Pyrénées comporte environ 4 500 espèces, dont quelque 160 espèces endémiques. La répartition végétale dans les Pyrénées est influencée par un climat océanique à l'ouest et un méditerranéen à l'est, humide au nord, plus sec au sud auxquelles s'ajoutent les différents étages montagnards qui favorisent les forêts de feuillus à basse altitude, puis aux altitudes supérieures, des forêts de confères, au-delà de la limite supérieure de l'arbre (zone de combat) des herbacées des alpages, et enfin les plantes de milieux rocailleuses et proches des névés à haute altitude (saxifrages, mousses, lichens, etc.)
L’orientation d’ouest en est de la plupart des montagnes européennes a eu pour conséquence qu'un grand nombre d’espèces présentes durant le Tertiaire et le début du Quaternaire (ère Cénozoïque) ont disparu lors des glaciations quaternaires. Les migrations vers des régions plus clémentes ou des refuges ont été freinées par les massifs montagneux que certains taxons n'ont pas pu franchir. Outre l'orientation ouest-est, les Pyrénées ont la particularité d'être une chaîne massive où les cols sont assez élevés accentuant l'effet de barrière écologique. En Amérique du Nord et en Extrême-Orient où les chaînes de montagnes sont majoritairement d'orientation nord-sud, les espèces ont en revanche pu migrer vers des régions plus clémentes. Un mélange avec des espèces provenant des régions arctiques et d’autres chaînes européennes a en outre eu lieu. Lors de la remontée des glaces, des espèces alpines, comme le thé des Alpes ou la dryade (Dryas octopetala L.), sont progressivement remontées vers l'Arctique, tandis que des espèces arctiques, comme l’andromède bleue (Phyllodoce caerulea (L.) Bab.), sont restées dans les Pyrénées. Les migrations se font également dans le sens altitudinal au gré des évolutions climatiques (glaciaires-interglacaires).
À l’instar des Alpes méridionales et des montagnes des Balkans, qui sont également riches en espèces endémiques, quelques espèces ont pu subsister dans des vallées protégées des Pyrénées. Cela permet ainsi d’expliquer pourquoi la jacinthe améthyste, Brimeura amethystina (L.) Chouard, ne se rencontre que dans les Pyrénées et en Croatie. La gentiane des Pyrénées, Gentiana pyrenaica L., était vraisemblablement plus largement répandue avant la glaciation. On la trouve actuellement dans les Pyrénées orientales et depuis les Monts Rila de Bulgarie jusque dans le Nord-Est de la Turquie. Les gesnériacées sont une grande famille tropicale, qui était aussi répandue en Europe au cours de l’ère tertiaire. Seules six espèces ont pu y survivre à la glaciation. Ainsi, la ramonde, Ramonda myconi (L.) Rchb., est présente sur les rochers calcaires ombragés des Pyrénées centrales et occidentales. Dans les Balkans, on rencontre localement deux autres ramondes : Ramonda nathaliae Pančić & Petr. à fleurs à 4 pétales, et Ramonda serbica Pančić à corolle légèrement campanulée. Le Lis des Pyrénées, Lilium pyrenaicum Gouan, est une belle plante à fleurs en turban jaunes piquetées de noir, qui répandent malheureusement une odeur assez désagréable. Dans le nord-est de l’Espagne on trouve la var. rubrum à fleurs orangées. Dans les Alpes orientales et les Balkans on rencontre le lis de la Carniole, Lilium carniolicum Bernh. ex W. D. J. Koch, qui y est présent sous quatre variétés : albanicum et jankae à fleurs jaunes, et bosniacum et carniolicum à fleurs orangées à rouges. D’aucuns considèrent que le lis de la Carniole est une sous-espèce du Lis des Pyrénées. Lilium pyrenaicum et Lilium carniolicum proviennent vraisemblablement d’un ancêtre commun qui a été décimé lors de la grande glaciation.
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