臺灣保育物種列表

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台灣保育類包括依《野生動物保育法》 公告之保育類野生動物，可分為「瀕臨絕種」、「珍貴稀有」及「其他應予保育」之野生動物等三個保育等級^[1]，內容函蓋臺灣境內及境外之物種。其中陸域物種由農業部林業及自然保育署公告^[2]，海域物種由海洋委員會公告^[3]。植物物種則有農委會依《文化資產保存法》公告之自然紀念物，當中包括珍貴稀有植物^[4][5]。

本表列出分布於臺灣境內的保育物種以及該物種依國際自然保護聯盟（IUCN）的紅皮書標準所評估的類別，臺灣特有（亞）種於中文名後以星號標示（特有種：*，特有亞種：**）。

中文名	學名	保育等級	紅皮書類別
			IUCN	臺灣[6]
臺灣雲豹**	Neofelis nebulosa brachyurus	已滅絕	易危	滅絕	[1] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
石虎	Prionailurus bengalensis chinensis	瀕臨絕種	無危	瀕危	[2] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
水獺	Lutra lutra chinensis	瀕臨絕種	近危	極危	[3] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
臺灣黑熊**	Ursus thibetanus formosanus	瀕臨絕種	易危	瀕危	[4] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
臺灣狐蝠**	Pteropus dasymallus formosus	瀕臨絕種	易危	極危	[5] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
麝香貓	Viverricula indica pallida	珍貴稀有	無危	易危	[6] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
無尾葉鼻蝠**	Coelops frithi formosanus	珍貴稀有		易危
水鼩	Chimarrogale himalayica	珍貴稀有	無危	易危	[7] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
穿山甲（台灣鲮鯉）**	Manis pentadactyla pentadactyla	珍貴稀有	極危	易危	[8] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
臺灣小黃鼠狼*	Mustela formosanus	其他		易危
臺灣水鹿**	Rusa unicolor swinhoei	其他	易危	近危	[9] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
臺灣野山羊（臺灣長鬃山羊）*	Capricornis swinhoei	其他	無危	近危	[10] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
棕簑貓（食蟹獴）	Herpestes urva	其他	無危	近危	[11] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
黃喉貂**	Martes flavigula chrysospila	其他	無危	易危	[12] （页面存档备份，存于互联网档案馆）

中文名	學名	保育等級	IUCN紅皮書類別
儒艮	Dugong dugon	瀕臨絕種	易危	[13] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
小鬚鯨	Balaenoptera acutorostrata	瀕臨絕種	無危	[14] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
塞鯨	Balaenoptera borealis	瀕臨絕種	瀕危	[15] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
布氏鯨	Balaenoptera edeni	瀕臨絕種	無危	[16] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
藍鯨	Balaenoptera musculus	瀕臨絕種	瀕危	[17] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
大村鯨	Balaenoptera omurai	瀕臨絕種	數據缺乏	[18] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
長鬚鯨	Balaenoptera physalus	瀕臨絕種	易危	[19] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
大翅鯨	Megaptera novaeangliae	瀕臨絕種	無危	[20]（页面存档备份，存于互联网档案馆）
中華白海豚**	Sousa chinensis ssp. taiwanensis	瀕臨絕種	極危	[21] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
灰鯨	Eschrichtius robustus	瀕臨絕種	無危	[22] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
江豚（露脊鼠海豚）	Neophocaena phocaenoides	瀕臨絕種	易危	[23] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
抹香鯨	Physeter catodon	瀕臨絕種	易危	[24] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
長吻真海豚	Delphinus capensis	珍貴稀有	數據缺乏	[25] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
真海豚	Delphinus delphis	珍貴稀有	無危	[26] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
小虎鯨	Feresa attenuata	珍貴稀有	無危	[27] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
短肢領航鯨	Globicephala macrorhynchus	珍貴稀有	無危	[28] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
瑞氏海豚	Grampus griseus	珍貴稀有	無危	[29] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
弗氏海豚	Lagenodelphis hosei	珍貴稀有	無危	[30] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
虎鯨	Orcinus orca	珍貴稀有	數據缺乏	[31] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
瓜頭鯨	Peponocephala electra	珍貴稀有	無危	[32] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
偽虎鯨	Pseudorca crassidens	珍貴稀有	近危	[33] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
熱帶斑海豚	Stenella attenuata	珍貴稀有	無危	[34] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
條紋海豚	Stenella coeruleoalba	珍貴稀有	無危	[35] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
飛旋海豚	Stenella longirostris	珍貴稀有	無危	[36] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
糙齒海豚	Steno bredanensis	珍貴稀有	無危	[37] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
印太洋瓶鼻海豚	Tursiops aduncus	珍貴稀有	近危	[38] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
瓶鼻海豚	Tursiops truncatus	珍貴稀有	無危	[39] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
小抹香鯨	Kogia breviceps	珍貴稀有	無危	[40] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
侏儒抹香鯨	Kogia sima	珍貴稀有	無危	[41] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
朗氏喙鯨	Indopacetus pacificus	珍貴稀有	無危	[42] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
柏氏中喙鯨	Mesoplodon densirostris	珍貴稀有	無危	[43] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
銀杏齒中喙鯨	Mesoplodon ginkgodens	珍貴稀有	數據缺乏	[44] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
柯氏喙鯨	Ziphius cavirostris	珍貴稀有	無危	[45] （页面存档备份，存于互联网档案馆）

依中華民國野鳥學會公布的《2020年臺灣鳥類名錄》，臺灣及其鄰近附屬島嶼共記錄87科674種鳥類，其中136種為保育類鳥類^[7]。

中文名	學名	保育等級	紅皮書類別
			IUCN	臺灣[8]
白鶴	Leucogeranus leucogeranus	瀕臨絕種	極危		[46] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
白枕鶴	Antigone vipio	瀕臨絕種	易危		[47] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
白頭鶴	Grus monacha	瀕臨絕種	易危		[48] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
丹頂鶴	Grus japonensis	瀕臨絕種	瀕危		[49] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
諾氏鷸	Tringa guttifer	瀕臨絕種	瀕危	瀕危	[50] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
遺鷗	Ichthyaetus relictus	瀕臨絕種	易危		[51] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
黑嘴端鳳頭燕鷗	Thalasseus bernsteini	瀕臨絕種	極危	極危	[52] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
黑腳信天翁	Phoebastria nigripes	瀕臨絕種	近危		[53] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
短尾信天翁	Phoebastria albatrus	瀕臨絕種	易危		[54] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
東方白鸛	Ciconia boyciana	瀕臨絕種	瀕危	瀕危	[55] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
卷羽鵜鶘	Pelecanus crispus	瀕臨絕種	近危		[56] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
朱鷺	Nipponia nippon	瀕臨絕種	瀕危		[57] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
黑面琵鷺	Platalea minor	瀕臨絕種	瀕危	近危	[58] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
熊鷹	Nisaetus nipalensis	瀕臨絕種	無危	瀕危	[59] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
白肩鵰	Aquila heliaca	瀕臨絕種	易危		[60] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
白尾海鵰	Haliaeetus albicilla	瀕臨絕種	無危		[61] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
草鴞**	Tyto longimembris	瀕臨絕種	無危	瀕危	[62] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
山麻雀	Passer cinnamomeus	瀕臨絕種	無危	瀕危	[63] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
鴛鴦	Aix galericulata	珍貴稀有	無危	易危	[64] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
巴鴨	Sibirionetta formosa	珍貴稀有	無危		[65] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
青頭潛鴨	Aythya baeri	珍貴稀有	極危	極危	[66] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
小鵪鶉	Synoicus chinensis	珍貴稀有	無危	瀕危	[67] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
黑長尾雉*	Syrmaticus mikado	珍貴稀有	近危		[68] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
環頸雉**	Phasianus colchicus	珍貴稀有	無危	極危	[69] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
藍腹鷴*	Lophura swinhoii	珍貴稀有	近危		[70] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
紅頭綠鳩**	Treron formosae	珍貴稀有	近危	易危	[71] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
簑羽鶴	Anthropoides virgo	珍貴稀有	無危		[72] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
沙丘鶴	Antigone canadensis	珍貴稀有	無危		[73] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
灰鶴	Grus grus	珍貴稀有	無危		[74] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
彩鷸	Rostratula benghalensis	珍貴稀有	無危		[75] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
水雉	Hydrophasianus chirurgus	珍貴稀有	無危	易危	[76] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
琵嘴鷸	Calidris pygmaea	珍貴稀有	極危	極危	[77] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
黑嘴鷗	Saundersilarus saundersi	珍貴稀有	易危	極危	[78] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
玄燕鷗	Anous stolidus	珍貴稀有	無危		[79] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
白眉燕鷗	Onychoprion anaethetus	珍貴稀有	無危		[80] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
小燕鷗	Sternula albifrons	珍貴稀有	無危	近危	[81] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
紅燕鷗	Sterna dougallii	珍貴稀有	無危		[82] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
蒼燕鷗	Sterna sumatrana	珍貴稀有	無危		[83] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
鳳頭燕鷗	Thalasseus bergii	珍貴稀有	無危		[84] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
黑鸛	Ciconia nigra	珍貴稀有	無危		[85] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
唐白鷺	Egretta eulophotes	珍貴稀有	易危	易危	[86] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
黑頭白䴉	Threskiornis melanocephalus	珍貴稀有	近危		[87] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
白琵鷺	Platalea leucorodia	珍貴稀有	無危		[88] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
魚鷹	Pandion haliaetus	珍貴稀有	無危		[89] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
黑翅鳶	Elanus caeruleus	珍貴稀有	無危		[90] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
東方蜂鷹	Pernis ptilorhynchus	珍貴稀有	無危	近危	[91] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
黑冠鵑隼	Aviceda leuphotes	珍貴稀有	無危		[92] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
禿鷲	Aegypius monachus	珍貴稀有	近危		[93] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
大冠鷲**	Spilornis cheela	珍貴稀有	無危		[94] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
林鵰	Ictinaetus malaiensis	珍貴稀有	無危	近危	[95] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
花鵰	Clanga clanga	珍貴稀有	易危		[96] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
靴隼鵰	Hieraaetus pennatus	珍貴稀有	無危		[97] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
白腹鵰	Aquila fasciata	珍貴稀有	無危		[98] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
灰面鵟鷹	Butastur indicus	珍貴稀有	無危		[99] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
西方澤鵟	Circus aeruginosus	珍貴稀有	無危		[100] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
東方澤鵟	Circus spilonotus	珍貴稀有	無危		[101] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
灰澤鵟	Circus cyaneus	珍貴稀有	無危		[102] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
花澤鵟	Circus melanoleucos	珍貴稀有	無危		[103] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
鳳頭蒼鷹**	Accipiter trivirgatus	珍貴稀有	無危		[104] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
赤腹鷹	Accipiter soloensis	珍貴稀有	無危	近危	[105] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
日本松雀鷹	Accipiter gularis	珍貴稀有	無危		[106] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
松雀鷹**	Accipiter virgatus	珍貴稀有	無危		[107] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
北雀鷹	Accipiter nisus	珍貴稀有	無危		[108] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
蒼鷹	Accipiter gentilis	珍貴稀有	無危		[109] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
黑鳶	Milvus migrans	珍貴稀有	無危	易危	[110] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
栗鳶	Haliastur indus	珍貴稀有	無危		[111] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
白腹海鵰	Haliaeetus leucogaster	珍貴稀有	無危		[112] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
毛足鵟	Buteo lagopus	珍貴稀有	無危		[113] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
東方鵟	Buteo japonicus	珍貴稀有	無危		[114] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
大鵟	Buteo hemilasius	珍貴稀有	無危		[115] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
黃嘴角鴞**	Otus spilocephalus	珍貴稀有	無危		[116] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
領角鴞**	Otus lettia	珍貴稀有	無危		[117] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
蘭嶼角鴞**	Otus elegans	珍貴稀有	近危	近危	[118] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
東方角鴞	Otus sunia	珍貴稀有	無危		[119] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
黃魚鴞	Ketupa flavipes	珍貴稀有	無危	瀕危	[120] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
鵂鶹**	Glaucidium brodiei	珍貴稀有	無危	易危	[121] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
縱紋腹小鴞	Athene noctua	珍貴稀有	無危		[122] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
褐林鴞	Strix leptogrammica	珍貴稀有	無危	易危	[123] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
東方灰林鴞**	Strix nivicolum	珍貴稀有	無危	近危	[124] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
長耳鴞	Asio otus	珍貴稀有	無危		[125] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
短耳鴞	Asio flammeus	珍貴稀有	無危		[126] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
褐鷹鴞	Ninox japonica	珍貴稀有	無危		[127] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
大赤啄木**	Dendrocopos leucotos	珍貴稀有	無危	近危	[128] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
綠啄木	Picus canus	珍貴稀有	無危	易危	[129] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
紅隼	Falco tinnunculus	珍貴稀有	無危		[130] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
紅腳隼	Falco amurensis	珍貴稀有	無危		[131] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
黃爪隼	Falco naumanni	珍貴稀有	無危		[132] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
灰背隼	Falco columbarius	珍貴稀有	無危		[133] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
燕隼	Falco subbuteo	珍貴稀有	無危		[134] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
遊隼	Falco peregrinus	珍貴稀有	無危		[135] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
八色鳥	Pitta nympha	珍貴稀有	易危	瀕危	[136] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
花翅山椒鳥	Coracina macei	珍貴稀有	無危	易危	[137] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
黃鸝	Oriolus chinensis	珍貴稀有	無危	易危	[138] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
朱鸝**	Oriolus traillii	珍貴稀有	無危		[139] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
紫綬帶	Terpsiphone atrocaudata	珍貴稀有	近危	近危	[140] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
赤腹山雀*	Sittiparus castaneoventris	珍貴稀有	無危	近危	[141] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
黃山雀*	Machlolophus holsti	珍貴稀有	近危		[142] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
烏頭翁*	Pycnonotus taivanus	珍貴稀有	易危	易危	[143] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
臺灣畫眉*	Garrulax taewanus	珍貴稀有	近危	瀕危	[144] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
臺灣白喉噪眉*	Ianthocincla ruficeps	珍貴稀有	無危		[145] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
棕噪眉*	Ianthocincla poecilorhyncha	珍貴稀有	無危		[146] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
八哥**	Acridotheres cristatellus	珍貴稀有	無危	瀕危	[147] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
白頭鶇*	Turdus niveiceps	珍貴稀有	無危		[148] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
小剪尾**	Enicurus scouleri	珍貴稀有	無危		[149] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
金鵐	Emberiza aureola	珍貴稀有	極危	瀕危	[150] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
野鵐	Emberiza sulphurata	珍貴稀有	易危	易危	[151] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
臺灣山鷓鴣*	Arborophila crudigularis	其他	無危		[152] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
長尾鳩	Macropygia tenuirostris	其他	無危	易危	[153] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
董雞	Gallicrex cinerea	其他	無危	易危	[154] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
黦鷸	Numenius madagascariensis	其他	瀕危	瀕危	[155] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
大杓鷸	Numenius arquata	其他	近危	易危	[156] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
黑尾鷸	Limosa limosa	其他	近危	易危	[157] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
大濱鷸	Calidris tenuirostris	其他	瀕危	瀕危	[158] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
紅腹濱鷸	Calidris canutus	其他	近危	易危	[159] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
半蹼鷸	Limnodromus semipalmatus	其他	近危		[160] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
林三趾鶉	Turnix sylvaticus	其他	無危	極危	[161] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
燕鴴	Glareola maldivarum	其他	無危		[162] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
麻鷺	Gorsachius goisagi	其他	易危		[163] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
紅尾伯勞	Lanius cristatus	其他	無危		[164] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
臺灣藍鵲*	Urocissa caerulea	其他	無危		[165] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
煤山雀**	Periparus ater	其他	無危		[166] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
青背山雀**	Parus monticolus	其他	無危	近危	[167] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
飯島柳鶯	Phylloscopus ijimae	其他	易危	易危	[168] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
冠羽畫眉*	Yuhina brunneiceps	其他	無危		[169] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
白耳畫眉*	Heterophasia auricularis	其他	無危		[170] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
黃胸藪眉*	Liocichla steerii	其他	無危		[171] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
紋翼畫眉*	Actinodura morrisoniana	其他	無危		[172] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
火冠戴菊鳥*	Regulus goodfellowi	其他	無危		[173] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
黃腹琉璃**	Niltava vivida	其他	無危		[174] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
白尾鴝**	Myiomela leucura	其他	無危		[175] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
白眉林鴝**	Tarsiger indicus	其他	無危		[176] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
栗背林鴝*	Tarsiger johnstoniae	其他	無危		[177] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
鉛色水鶇**	Phoenicurus fuliginosus	其他	無危		[178] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
黑頭文鳥	Lonchura atricapilla	其他	無危	易危	[179] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
岩鷚**	Prunella collaris	其他	無危	易危	[180] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
臺灣朱雀*	Carpodacus formosanus	其他	無危		[181] （页面存档备份，存于互联网档案馆）

中文名	學名	保育等級	紅皮書類別
			IUCN	臺灣[9]
金絲蛇*	Hebius miyajimae	瀕臨絕種	易危	瀕危	[182] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
赤腹游蛇	Sinonatrix annularis	瀕臨絕種		數據缺乏
赤蠵龜	Caretta caretta	瀕臨絕種	易危		[183] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
綠蠵龜	Chelonia mydas	瀕臨絕種	瀕危		[184] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
玳瑁	Eretmochelys imbricata	瀕臨絕種	極危		[185] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
欖蠵龜	Lepidochelys olivacea	瀕臨絕種	易危		[186] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
革龜（稜皮龜）	Dermochelys coriacea	瀕臨絕種	易危		[187] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
食蛇龜	Cuora flavomarginata	瀕臨絕種	瀕危	易危	[188] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
柴棺龜	Mauremys mutica	瀕臨絕種	瀕危	近危	[189] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
呂氏攀蜥*	Diploderma luei	珍貴稀有	瀕危	數據缺乏	[190] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
牧氏攀蜥*	Diploderma makii	珍貴稀有	易危	近危	[191] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
哈特氏蛇蜥	Dopasia harti	珍貴稀有	無危	數據缺乏	[192] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
羽鳥氏帶紋赤蛇*	Sinomicrurus hatori	珍貴稀有		無危
梭德氏帶紋赤蛇*	Sinomicrurus sauteri	珍貴稀有	無危	無危	[193] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
菊池氏壁虎*	Gekko kikuchii	珍貴稀有	數據缺乏	數據缺乏	[194] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
雅美鱗趾虎*	Lepidodactylus yami	珍貴稀有		數據缺乏
唐水蛇	Enhydris chinensis	珍貴稀有	無危		[195] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
鎖鍊蛇	Daboia siamensis	珍貴稀有	無危	無危	[196] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
百步蛇	Deinagkistrodon acutus	珍貴稀有		無危
瑪家山龜殼花**	Ovophis monticola makazayazaya	珍貴稀有	無危	無危	[197] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
金龜	Mauremys reevesii	珍貴稀有	瀕危	極危	[198] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
高砂蛇	Euprepiophis mandarinus takasago	其他	無危	無危	[199] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
黑眉錦蛇**	Orthriophis taeniurus friesi	其他		無危
斯文豪氏游蛇*	Rhabdophis swinhonis	其他	無危	無危	[200] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
草花蛇	Xenochrophis flavipunctatus	其他	無危		[201] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
環紋赤蛇**	Sinomicrurus macclellandi swinhoei	其他		無危
鉛色水蛇	Enhydris plumbea	其他	無危	易危	[202] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
梭德氏草蜥*	Takydromus sauteri	其他		數據缺乏
菊池氏龜殼花*	Trimeresurus gracilis	其他	無危	無危	[203] （页面存档备份，存于互联网档案馆）

總計有瀕臨絕種4種、珍貴稀有5種以及其他3種。

中文名	學名	保育等級	紅皮書類別
			IUCN	臺灣[10]
台灣山椒魚*	Hynobius formosanus	瀕臨絕種	瀕危	瀕危	[204] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
觀霧山椒魚*	Hynobius fuca	瀕臨絕種		瀕危
南湖山椒魚*	Hynobius glacialis	瀕臨絕種		極危
楚南氏山椒魚*	Hynobius sonani	瀕臨絕種	瀕危	瀕危	[205] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
阿里山山椒魚*	Hynobius arisanensis	珍貴稀有	易危	易危	[206] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
諸羅樹蛙*	Rhacophorus arvalis	珍貴稀有	瀕危	瀕危	[207] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
橙腹樹蛙*	Rhacophorus aurantiventris	珍貴稀有	瀕危	瀕危	[208] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
魚池琴蛙	Nidirana shyhhuangi	珍貴稀有	瀕危	極危	[209] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
臺北赤蛙	Rana taipehensis	珍貴稀有	無危	瀕危	[210] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
翡翠樹蛙*	Rhacophorus prasinatus	其他	近危	近危	[211] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
臺北樹蛙*	Rhacophorus taipeianus	其他	近危	易危	[212] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
金線蛙	Rana plancyi	其他	無危		[213] （页面存档备份，存于互联网档案馆）

中文名	學名	保育等級	紅皮書類別
			IUCN	臺灣[11]
巴氏銀鮈*	Squalidus Banarescui	瀕臨絕種		極危
飯島氏銀鮈*	Squalidus iijimae	瀕臨絕種		數據缺乏
阿氏前口蝠鱝	Mobula alfredi	瀕臨絕種	易危		[214] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
雙吻前口蝠鱝	Mobula birostris	瀕臨絕種	瀕危		[215] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
鯨鯊	Rhincodon typus	瀕臨絕種	瀕危		[216] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
鈍鋸鰩	Anoxypristis cuspidata	瀕臨絕種	瀕危		[217] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
櫻花鉤吻鮭*	Oncorhynchus formosanus	瀕臨絕種	極危	瀕危	[218] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
溪流細鯽*	Aphyocypris amnis	瀕臨絕種		瀕危
臺東間爬岩鰍*	Hemimyzon taitungensis	珍貴稀有	易危	瀕危	[219] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
陳氏鰍鮀*	Gobiobotia cheni	珍貴稀有		瀕危
蘭嶼吻鰕虎*	Rhinogobius lanyuensis	珍貴稀有		瀕危
曲紋唇魚	Cheilinus undulatus	珍貴稀有	瀕危		[220] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
隆頭鸚哥魚	Bolbometopon muricatum	珍貴稀有	易危		[221] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
南臺中華爬岩鰍*	Sinogastromyzon nantaiensis	其他		易危
埔里中華爬岩鰍*	Sinogastromyzon puliensis	其他	易危	易危	[222] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
中間鰍鮀	Gobiobotia intermedia	其他
臺灣梅氏鯿*	Metzia formosae	其他	無危	瀕危	[223] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
大鱗梅氏鯿	Metzia mesembrina	其他		易危
砂棲瓢眼鰕虎	Sicyopus auxilimentus	其他
尾鱗銳齒鰕虎	Smilosicyopus leprurus	其他
明仁枝牙鰕虎	Stiphodon imperiorientis	其他
棘鱗韌鰕虎	Lentipes armatus	其他
布納加亞韌鰕虎	Lentipes bunagaya	其他
新喀里多尼亞韌鰕虎	Lentipes kaaea	其他
奇吉木納韌鰕虎	Lentipes kijimuna	其他
棉蘭老韌鰕虎	Lentipes mindanaoensis	其他
巴拉望紅韌鰕虎	Lentipes palawanirufus	其他
臺灣䱀*	Liobagrus formosanus	其他		瀕危

總計有昆蟲23種、寄居蟹一種、珊瑚二種。

中文名	學名	保育等級	IUCN紅皮書類別
大紫蛺蝶**	Sasakia charonda(原只列入台灣亞種，後將保育層級提升至種)	瀕臨絕種
寬尾鳳蝶*	Papilio maraho	瀕臨絕種	近危	[224] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
珠光鳳蝶**	Troides magellanus sonani	瀕臨絕種	無危	[225] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
黃裳鳳蝶**	Troides aeacus(原只列入台灣亞種，後將保育層級提升至種)	其他
曙鳳蝶*	Atrophaneura horishana	其他
妖艷吉丁蟲*	Bupestes mirabilis	珍貴稀有
碎斑硬象鼻蟲*	Eupyrgops waltonianus	珍貴稀有
白點球背象鼻蟲*	Pachyrrhynchus insularis	珍貴稀有
大圓斑球背象鼻蟲*	Pachyrrhynchus kotoensis	珍貴稀有
條紋球背象鼻蟲*	Pachyrrhynchus sonani	珍貴稀有
小圓斑球背象鼻蟲*	Pachyrrhynchus tobafolius	珍貴稀有
斷紋球背象鼻蟲*	Pachyrrhynchus yamianus	珍貴稀有
虹彩叩頭蟲	Campsosternus gemma	珍貴稀有
黃胸黑翅螢*	Luciola hydrophila	珍貴稀有
鹿野氏黑脈螢*	Pristolycus kanoi	珍貴稀有
長角大鍬形蟲*	Dorcus schenklingi	珍貴稀有
台灣大鍬形蟲**	Dorcus grandis formosanus	其他
霧社血斑天牛**	Aeolesthes oenochrous	其他
台灣長臂金龜**	Cheirotonus macleayi formosanus	其他
台灣爺蟬	Formotosena seebohmi	珍貴稀有
無霸勾蜓	Anotogaster sieboldii	珍貴稀有
津田氏大頭竹節蟲	Megacrania tsudai	珍貴稀有
蘭嶼大葉螽蟴*	Phyllophorina kotoshoensis	其他
椰子蟹	Birgus latro	珍貴稀有	易危	[226] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
柴山多杯孔珊瑚*	Polycyathus chaishanensis	瀕臨絕種
福爾摩沙偽絲珊瑚*	Pseudosiderastrea formosa	瀕臨絕種

目前依《文化資產保存法》公告指定之珍貴稀有植物有四種，另有七種植物已解除公告^[12]。解除公告的七種植物為台灣水韭、台東蘇鐵、蘭嶼羅漢松、紅星杜鵑、烏來杜鵑、鐘萼木以及台灣油杉。

中文名	學名	紅皮書類別
		IUCN	臺灣[13]
台灣穗花杉*	Amentotaxus formosana	易危	瀕危	[227] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
南湖柳葉菜*	Epilobium nankotaizanense		易危
台灣水青岡*	Fagus hayatae	易危	無危	[228] （页面存档备份，存于互联网档案馆）
清水圓柏	Juniperus chinensis var. tsukusiensis	數據缺乏	易危	[229] （页面存档备份，存于互联网档案馆）

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