1962 року, після об'єднання міст Крустпілс та Єкабпілс, отримала сучасну назву. Свого часу і в місті Єкабпілс була залізнична станція, яку будували як вузькоколійну.
16 листопада1936 року відкритий для руху новий залізничний міст через річку Даугава, через який була прокладена залізниця широкої колії і побудована сполучна колія між станціями Круспілс (лат.Krustpils) та Єкабпілс (лат.Jēkabpils).
Станція Крустпілс була першою експериментальною на Прибалтійській залізниці, яка була обладнана апаратурою ПОНАБ.
2016 року на станції зведені високі перони, які є першими та єдиними перонами на станціях Латвії, де зупинялися пасажирські поїзди міжнародного сполучення.