1919년 설립된 ESV 잉골슈타트와 1881년 창립된 MTV 잉골슈타트가 2005년 합병을 결정하여 창단되게 되었다. 창단 시즌인 2004-05 시즌 준우승을 차지하며 준수하게 시작하였다. 2005-06 시즌 4부리그에서 우승하며 3부리그로 승격하였다. 2007-08 시즌 3부리그에서 준우승을 차지하며 2부리그까지 승격하는데 성공하였다. 2008-09 시즌 2부리그에서 17위를 차지하며 곧바로 3부리그로 강등되었으나 2009-10 시즌 3부리그에서 3위를 차지하며 다시 1년만에 곧바로 2부리그로 복귀하였다. 이후 중하위권을 맴돌다가 2014-15 시즌 2. 분데스리가에서 우승을 확정하며 2015-16 시즌 구단역사상 사상 처음으로 1부리그로 승격하게 되었다.
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