| 미조조아 | | 정단복합체충문 | | 아코노이다시다강 | |
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| 코노이다시다강 | | 구포자충아강 | |
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| 족포자충아강 | | 열포자충목 | - Exoschizonidae
- Selenidioididae
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| 진포자충목 | - Aseptatorina
- Blastogregarinorina
- Cephaloidophoridae
- Cephalolobidae
- Ganymedidae
- Porosporidae
- Uradiophoridae
- Septatorina
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| 신포자충목 | - Caulleryellidae
- Gigaductidae
- Lipotrophidae
- Ophryocystidae
- Schizocystidae
- Syncystidae
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| Apicomonadea | |
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| 와편모충문 | |
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| 페르킨수스문 | | 페르킨수스강 | - 페르킨수스과(페르킨수스속)
- 파고디니움목(파고디니움속)
- 라스트로모나스목(파르빌루키페라속, 라스트로모나스속)
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| Protoalveolata | |
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