Virgaviridae
| Virgaviridae | |
|---|---|
 | |
| Classificazione scientifica | |
| Dominio | Riboviria |
| Regno | Orthornavirae |
| Phylum | Kitrinoviricota |
| Classe | Alsuviricetes |
| Ordine | Martellivirales |
| Famiglia | Virgaviridae |
Virgaviridae è una famiglia di virus a ssRNA positivo dell'ordine Martellivirales. Comprende virus che infettano le piante, tra cui il primo virus scoperto, il virus del mosaico del tabacco. La famiglia fu istituita nel 2007 a seguito di indagini di filogenetica molecolare.
Struttura[modifica | modifica wikitesto]
Il virione, privo del peplos, è a forma di asta (da cui l'etimologia del nome della famiglia, dal latino virga, "verga"), a simmetria elicoidale con un canale assiale.[1] Ha un diametro di 20-25 nm, il passo misura circa 2,5 nm e la lunghezza varia in base al genere.[2][1] Il capside è costituito da copie multiple di una proteina di 17-24 kDa, a seconda del virus, detta CP[2] e, nei generi Furovirus e Pomovirus, è presente all'estremità del virione un'ulteriore proteina derivante dal readthrough ribosomiale del codone di stop del gene che codifica la proteina del capside, chiamata CP-RT.[3]
Genoma[modifica | modifica wikitesto]
Il genoma è composto da singoli filamenti di RNA positivi, di numero variabile a seconda del genere. All'estremità 5' è presente un cappuccio m7GpppG e l'estremità 3', priva di una coda poliadenilata, assume la forma di un tRNA che lega la tirosina, la valina e l'istidina rispettivamente nei generi Hordeivirus, Pomovirus e Tobamovirus. Nel genere Tobravirus non lega nessun aminoacido. L'ORF di dimensioni maggiori codifica per una proteina di replicazione avente i domini della metiltransferasi, dell'elicasi. La RNA replicasi è espressa tramite readthrough come porzione C-terminale di tale proteina, fuorché in Hordeivirus, che presentano il dominio della RNA replicasi su un'altra molecola di RNA. A seconda del genere, il genoma codifica per le proteine di movimento (MP) della superfamiglia "30K" o per proteine TGB (triple gene block). L'organizzazione del genoma è diversa in base al genere.[4][5][2]
Tassonomia[modifica | modifica wikitesto]
La famiglia è stata istituita nel 2007 e comprendeva al tempo 6 generi (Furovirus, Hordeivirus, Pecluvirus, Pomovirus, Tobamovirus e Tobravirus) aventi le seguenti caratteristiche in comune:[6]
- RNA a singolo filamento positivo con una struttura in 3' simile a un tRNA e senza coda poli-A;
- struttura a forma di asta con un diametro di 20-25 nm e unm canale centrale;
- proteina di replicazione del "supergruppo alphavirus"[7];
- proteina del capside di 19-24 kDa;
- proteine di movimento della superfamiglia 30K o codificate da TGB.
Koonin e Dolja nel 1993 eseguirono ricerche filogenetiche analizzando la RNA polimerasi RNA-dipendente (RdRp) e ottennero il supergruppo 3 RdRp che comprendeva tre linee filetiche, tra cui "Tobamo" che conteneva a sua volta, oltre ai 6 generi sopra descritti, anche Idaeovirus, Bromoviridae e Closteroviridae. Analisi più recenti sulla RdRp, sui tre domini fusi metiltransferasi-elicasi-RdRp e sull'intera proteina di replicazione confermano questa suddivisione, escludendo il genere Benyvirus il quale, benché condivida alcune caratteristiche su citate, è più lontano filogeneticamente, oltre a essere dotato di una coda poli-A e la sua polimerasi è ottenuta per proteolisi post-traduzionale.[6]
L'analisi delle proteine di replicazione, che costituiscono buona parte dei genomi, offre il miglior albero filogenetico della famiglia, ma anche gli altri geni permettono di correlare i generi.[6]
Nel 2015 è stato aggiunto alla famiglia un nuovo genere, Goravirus, contenente 2 specie, che mostra maggiore affinità con Pecluvirus e Hordeivirus come hanno mostrato analisi filogenetiche e delle proteine che comunque, anche data la bassa percentuale di sequenze aminoacidiche in comune e la diversa organizzazione del genoma, hanno avvalorato la creazione di un nuovo genere.[8]
Note[modifica | modifica wikitesto]
- ^ a b (EN) Michael J. Adams, John F. Antoniw e Jan Kreuze, Virgaviridae: a new family of rod-shaped plant viruses, in Archives of Virology, vol. 154, n. 12, 1º dicembre 2009, pp. 1967–1972, DOI:10.1007/s00705-009-0506-6. URL consultato il 19 luglio 2020.
- ^ a b c (EN) Virgaviridae - Virgaviridae - Positive-sense RNA Viruses, su International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). URL consultato il 19 luglio 2020 (archiviato dall'url originale il 25 ottobre 2020).
- ^ G H Cowan, L Torrance e B Reavy, Detection of potato mop-top virus capsid readthrough protein in virus particles., in Journal of General Virology,, vol. 78, n. 7, 1997, pp. 1779–1783, DOI:10.1099/0022-1317-78-7-1779. URL consultato il 19 luglio 2020.
- ^ Ulrich Melcher, The ‘30K’ superfamily of viral movement proteins, in Journal of General Virology,, vol. 81, n. 1, 2000, pp. 257–266, DOI:10.1099/0022-1317-81-1-257. URL consultato il 19 luglio 2020.
- ^ Sergey Yu. Morozov e Andrey G. Solovyev, Triple gene block: modular design of a multifunctional machine for plant virus movement, in Journal of General Virology,, vol. 84, n. 6, 2003, pp. 1351–1366, DOI:10.1099/vir.0.18922-0. URL consultato il 19 luglio 2020.
- ^ a b c Mike Adams e Jan Kreuze, Template for Taxonomic Proposal to the ICTV Executive Committee To create a new Family (PDF), su talk.ictvonline.org.
- ^ Eugene V. Koonin, Valerian V. Dolja e Dr T. Jack Morris, Evolution and Taxonomy of Positive-Strand RNA Viruses: Implications of Comparative Analysis of Amino Acid Sequences, in Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology, vol. 28, n. 5, 1º gennaio 1993, pp. 375–430, DOI:10.3109/10409239309078440. URL consultato il 19 luglio 2020.
- ^ Sekine et al., Create one new genus with two new species in the family Virgaviridae (PDF), su talk.ictvonline.org, aprile 2015.
Altri progetti[modifica | modifica wikitesto]
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