Nella stagione 1978-1979 dopo la riforma, lo Spezia disputa il primo campionato di Serie C1 che prevede due promozioni e quattro retrocessioni, gli aquilotti abbandonano i derby toscani e tornano ad affrontare le squadre del Nord Italia. Ma la musica è diversa e anche la qualità tecnica delle squadre superiore.
La squadra di Nedo Sonetti non parte con il piede giusto, pareggia molto sia in casa che in trasferta, fuori perde spesso, le vittorie si contano sulle dita di una mano. Nedo Sonetti a marzo si dimette, ma Giuseppe Bumbaca che gli subentra, non fa miracoli e così la C2 diviene certezza, con cinque giornate di anticipo. Una stagione difficile che si conclude con la chiusura della decennale gestione di Alfeo Mordenti.
Nella Coppa Italia di Serie C nel terzo girone, disputato prima del campionato gli aquilotti con la Lucchese, lasciano il passaggio al Montecatini, che vola nei sedicesimi di finale della manifestazione.
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Spezia 
Nedo Sonetti (1ª-23ª)
Triestina
Treviso
Novara
Parma
Piacenza
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Lecco
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Biellese
Modena
Mantova
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Montecatini