Vendéen de naissance, Émilien Jeannière grandit au sein d'une famille passionnée de vélo. Son père Hervé et son oncle Joseph ont eux-mêmes été coureurs cyclistes au niveau amateur[1],[2], tout comme son frère Baptiste, qui a rapidement arrêté la compétition. Après s'être essayé au football, il commence le cyclisme en 2006 à l'âge de huit ans au Vélo Club Herbretais[3]. Grand espoir local, il intègre le Pôle Espoir de La Roche-sur-Yon en 2015. Il se distingue dès sa première saison juniors avec un titre de champion des Pays de la Loire[1].
Lors de la saison 2016, il s'illustre en étant l'un des meilleurs juniors français. Bon puncheur, il s'impose sur une étape du Tour du Valromey[4] et termine cinquième des championnats de France juniors. Il se classe également troisième d'une étape au Tour du Pays de Vaud[5] et dixième de Gand-Wevelgem juniors, avec l'équipe de France. Au mois de septembre, il participe à un doublé retentissant lors du championnat d'Europe sur route juniors en prenant la deuxième place derrière son compatriote Nicolas Malle. Les deux coureurs devancent au sprint Tadej Pogačar au sommet de la montée de Cadoudal[6].
En 2017, il rejoint le club Vendée U, centre de formation de l'équipe Direct Énergie. Malgré diverses blessures, il s'impose à plusieurs reprises au plus haut niveau amateur français lors de ses années espoirs (moins de 23 ans). Stagiaire chez TotalEnergies en 2021, il n'est toutefois pas retenu pour passer professionnel[7]. Après une bonne saison 2022 chez les amateurs, il est finalement recruté par l'équipe TotalEnergies pour les saisons 2023 et 2024[8].
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